Na de virusscan moet het systeem met meerdere Spywarescanners gescand worden. U zult merken dat de ene Spywarescanner besmettingen vindt, die door een andere Spywarescanner niet gevonden worden en vice-versa. Dit komt omdat de benadering van de diverse Spywarescanner anders is en sommige besmettingen de ene scanner weten te omzeilen terwijl ze bij een andere scanner wel ontdekt worden. Gelukkig kunnen de meeste Spywarescanners wel naast elkaar gebruikt worden en zelfs tegelijkertijd, hoewel dat wel ten koste van de snelheid van de processen gaat.
Een goede combinatie van Spyware scanners kan zijn: AdAware, Spybot en Malwarebytes AntiMalware. Zorg ook nu weer dat u de laatste updates voor deze scanners geïnstalleerd hebt. Daarnaast zijn er nog een paar specifieke scanners en tools die gericht ingezet kunnen worden, bijvoorbeeld KazaaBegone en CWShredder. KazaaBegone verwijderd gericht de spyware die bij de installatie van Kazaa werd geïnstalleerd. CWShredder pakt gericht de CoolWebSearch-trojans aan. Deze laatste categorie laat zich zeer moeilijk of niet verwijderen door andere anti-spyware programma’s.
Ook de spywarescans kunt u het best uitvoeren in de Veilige Modus, om dezelfde reden als bij de virusscan; veel programma’s starten in de Veilige Modus niet op en kunnen dan beter gevonden en verwijderd worden.
Voor sommige besmettingen zullen de Spywarescanners aangeven dat ze niet verwijderd kunnen worden. Meestal volgt dan de vraag of er een nieuwe scan gedraaid moet worden bij de volgende herstart. Laat dit altijd doen, de scanner gaat dan namelijk scannen voordat Windows geladen wordt. Zelfs dan kan het nog voorkomen dat een bepaalde variant niet verwijderd kan worden.
Een ander fenomeen dat u tegen kan komen is dat alle schadelijke software in dit stadium gevonden en verwijderd lijkt te zijn, maar dat na de eerste de beste herstart van Windows in de Normale Modus de besmettingen deels of geheel terug zijn. U hebt dan te maken met een variant die zich weet te onttrekken aan totale verwijdering en via een verborgen bestand zichzelf weer herinstalleert bij de eerstvolgende herstart van uw computer. Steeds meer infecties krijgen deze eigenschap mee als ze ontwikkeld worden. Om deze varianten te verwijderen moet een andere specialistische aanpak gevolgd worden. Soms bestaat er een speciale tool tegen deze besmetting, maar het komt ook voor dat u een nieuwe of vernieuwde variant hebt opgelopen, waarbij de reeds ontwikkelde tools ook niet werken. Hier begint het kat en muis spel tussen de ontwikkelaars en bestrijders van spyware. Het is nu zaak om de werking van deze specifieke variant bloot te leggen en een gerichte bestrijdingsstrategie te ontwikkelen. Vaak zal dit via de Trial & Error methode moeten, waarbij een goed begrip van hoe spyware, Windows en andere software werkt onontbeerlijk is.
Als u de voorgaande stappen wel met succes doorlopen hebt en er lijken geen merkbare besmettingen over te zijn volgt de laatste stap in het proces van schoonmaken: de Controle-Scan.